A administração do CEREPAL funciona da seguinte forma:
• Assembléia Geral
Participam todos os sócios.

• Conselho Superior
São sócios que participaram de diretoria que têm a função da aprovação final de todas as decisões. Sua diretoria assim se compõe:
Presidente,
Vice-presidente,
Secretário,
2º Secretário,
Diretoria.

Os sócios eleitos por Assembléia geral e Conselho Superior nos seguintes cargos:
Presidente,
Vice-Presidente Administrativo,
Vice-Presidente de Patrimônio,
Vice-Presidente Social,
Vice-Presidente de Relações Públicas,
Vice-Presidente,
Técnico,
1º Secretário,
2º Secretário,
3º Secretário,
1º Tesoureiro,
2º Tesoureiro,
3º Tesoureiro.

Todos os membros são eleitos para mandato de dois anos sendo permitido a sua reeleição.

• Conselho Fiscal
São sócios eleitos pela Assembléia Geral e Conselho Superior. Tem a função de analisar e homologar o Balanço Anual bem como examinar e aprovar todas as contas do CEREPAL.

A área técnica tem um diretor tácnico responsável pela equipe de terapia.

A área administrativa tem um diretor administrativo que coordena todo o serviço da área.